A paróquia São Pio de Pietrelcina foi criada pelo cardeal Dom José Freire Falcão, no dia 8 de março de 2001. Anteriormente, o templo já construído fazia parte da paróquia Santa Terezinha, no Cruzeiro, e tinha como padroeiro São Luís Guanella. Foi devido a uma graça pessoal recebida pela intercessão de São Pio de Pietrelcina que Dom Falcão quis dedicar-lhe uma paróquia em Brasília. Ainda não tendo sido canonizado, o cardeal precisou pedir permissão à Congregação do Culto Divino para dedicar ao beato Padre Pio uma paróquia em sua arquidiocese, recebendo a resposta positiva e a permissão de celebrar já então sua memória litúrgica em toda a arquidiocese.
Desmembrada da paróquia Santa Terezinha e erigida como paróquia que compreende todo o perímetro do Setor Sudoeste, seu primeiro pároco foi o padre Angel Obradors Rosique, que conduziu a comunidade paroquial por 2 anos (2001-2003).
Em 10 de junho de 2003, padre Carlos Fernando Hernandez Sanchez foi nomeado novo pároco, permanecendo até o ano de 2018. Sob seu pastoreio construiu-se parte do novo templo no terreno anexo da paróquia, constando já uma capela do Santíssimo. Também construiu-se o centro paroquial Dom José Freire Falcão, destinado às pastorais, grupos e catequese. Ainda, foi reformado e dedicado o templo paroquial, em 17 de setembro de 2017.
No dia 12 de agosto de 2018, Pe. Fernando Alves de Sousa assumiu como terceiro pároco.
No dia 19 de dezembro de 2022, foi entregue a escritura de regularização fundiária do terreno onde estão localizadas as Tendas e onde será construído o novo templo da Paróquia.