No dia 25 de maio de 2003, a arquidiocese de Brasília instituiu a Paróquia São Francisco de Assis, confiada aos cuidados dos Frades Menores Conventuais (OFMConv.) desde 1981, como Santuário São Francisco de Assis, com a missão de oferecer aos fiéis meios de salvação mais abundantes, anunciando com diligência a Palavra de Deus, incentivando adequadamente a vida litúrgica, principalmente com a Eucaristia e a Reconciliação, e cultivando as formas aprovadas de piedade popular, tornando-se lugar privilegiado de educação para os valores da ética, em particular a justiça, a solidariedade, a paz e a salvaguarda da criação, a fim de contribuir para o crescimento da qualidade da vida para todos.
No dia 6 de dezembro de 2022, tendo Frei João Benedito Ferreira de Araújo como pároco, o dicastério do Culto Divino e Disciplina dos Sacramentos assinou o decreto, concedendo ao Santuário São Francisco de Assis o Título de Basílica Menor, conforme documento nº 551/22 assinado pelo prefeito, cardeal Arturo Roche, e pelo secretário Vitório Francisco Viola.
No dia 13 de maio de 2023, o Arcebispo Dom Paulo Cardeal Costa, durante uma celebração solene realizou a Instalação da Basílica Santuário São Francisco de Assis.
Concessões ligadas à Basílica
Os fiéis podem lograr indulgência plenária nos seguintes dias:
a) no aniversário da dedicação da mesma basílica (29/11)
b) no dia da celebração litúrgica do título (04/10)
c) na Solenidade dos Santos Pedro e Paulo, Apóstolos (primeiro domingo depois de 29/06)
d) no aniversário da outorga do título de basílica (06/12)
e) uma vez por ano, em dia a ser determinado pelo Ordinário local (01/05)
f) uma vez por ano em dia livremente escolhido por cada um dos fiéis.