Fundada por intermédio da então Capela Nossa Senhora do Carmo, hoje Paróquia e da Paróquia São Vicente de Paulo que traziam Jesus Eucarístico para o povo humilde da Vila Areal como era conhecida essa área na época.
No início as celebrações da Santa Missa eram embaixo de alguns pés de eucalipto que tinha na região onde hoje se encontra a Escola Tecnica de Brasília, apenas com a fé e o apoio de algumas famílias carentes. Com a força de vontade e a fé de muitos que habitavam na região foi erguido um galpão onde começamos a celebrar as missas e os encontros de catequese.
O apoio pastoral a comunidade da Vila Areal foi dada através do Frei Felisberto e pelo Frei Lino que vendo o sofrimento em que o povo se encontrava escolheram o nome para a comunidade de “Bom Jesus dos Aflitos”.
Em meados de 1990 começou a regularização da então Vila Areal, com essa regularização o endereço da então capela precisou ser alterado, com a alteração o Frei Celestino e o Frei Vicente com toda a comunidade ergueram novamente um barracão provisório para acolhida da fé dos moradores da região. Após um período o Frei Celestino viu a real necessidade de um espaço maior e sólido para acolher o povo de Deus que frequentava a capela.
Conforme o aumento de famílias crescia na Vila Areal o Frei Celestino viu a necessidade de ampliar mais um pouco a igreja, sendo feito ampliação na área de nossa paróquia algumas vezes.
Quando a comunidade já estava firme e edificada, em 08 de dezembro de 1994 a então Capela Bom Jesus dos Aflitos se tornou Paróquia, tendo como primeiro pároco o padre Tininho (como muitos o conhecem). Padre Tininho tomou a iniciativa de celebrar missas na quadra QS 05 onde posteriormente foi fundada a Capela Santa Clara de Assis.

Em 1998 o número de invasões próximos a Vila Areal havia aumentado muito, então o GDF criou mais uma quadra a QS 11, onde o padre Tininho também com o intuito de evangelizar começou a celebrar missas nas casas da “invasão”.
Com a mudança de pároco assumiu a paróquia o padre Francivaldo, que continuou o trabalho do padre Tininho e em 2002 fundou a Capela Nossa Senhora do Amparo.
Após a edificação das comunidades Nossa Senhora do Amparo e Santa Clara de Assis, chegou em nossa paróquia o padre Manuel, natural da Espanha, padre Manuel com muito empenho e ajuda da comunidade construiu o centro pastoral e o salão paroquia de nossa matriz.
Posteriormente passou por nossa paróquia o padre Belo, que nos ensinou muito com sua rigorosidade litúrgica. Conforme a vontade de Deus, padre Belo foi transferido e assumiu a administração de nossa paróquia o padre Emmanuel, natural da África, desempenhou um grande papel em nossa comunidade por um longo tempo.
Então em 2023 o então Cardeal Arcebispo Dom Paulo Cesar Costa transferiu para administrar a paróquia o padre Rayan.